2004 год, 25 марта. На заседании Священного Синода по прошению Преосвященного епископа Нижегородского и Арзамасского Георгия (Данилова) храм в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня преобразован в Крестовоздвиженский женский монастырь. Именно с этого момента началась новейшая история единственной в Нижнем Новгороде женской обители. Через полгода практически на руины приезжает инокиня Татиана — насельница Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского монастыря, назначенная настоятельницей. Засучив рукава будущая игуменья и первые сестры с Божьей помощью и помощью простых людей начинают великое дело возрождения одной из самых древних нижегородских обителей. Вместе с расчисткой завалов, уборкой сразу же начинается подготовка к архиерейской службе на престольный праздник. В день Воздвижения Честного и Животворящего Креста епископ Нижегородский и Арзамасский Георгий преподносит обители святую духовную опору — крест-мощевик с частицей Животворящего Креста Господня. Монастырь начинает оживать, насельницы работают не покладая рук.
Много помогают благотворители. На их средства приобретены восемь колоколов. Их мелодичный звон возвестил нижегородцам, что у Крестовоздвиженского монастыря снова появился свой голос. Всего лишь через год снова откроется школа. Параллельно идут масштабные ремонтные работы в главном соборе. Купол церкви без ухода прогнил – его пришлось воссоздавать заново, настенные росписи почти полностью истерлись – к счастью, их удалось отреставрировать.
По инициативе епископа Нижегородского и Арзамасского Георгия изготавливается еще одна святыня – огромный дубовый крест-Голгофа, его пронесут по крестному пути Спасителя, освятят на Святой земле в Иерусалиме, затем распишут и установят в главном храме Крестовоздвиженской обители.
Идет расчистка церкви-усыпальницы Иверской иконы Божией Матери, где найдены останки всех шести игумений монастыря. 10 декабря 2006 года честные останки настоятельниц торжественно перезахоронят в усыпальнице Иверской церкви.
В 2007 году Крестовоздвиженский собор увенчался новыми куполами и крестами. Освящена восстановленная нижняя церковь в честь чудотворной иконы Божией Матери «Иверская».
Наряду с возрождением Крестовоздвиженской обители игуменья Филарета получает послушание восстановить сельский храм в честь Воздвижения Животворящего Креста Господня в селе Быдреевка Семеновского района. Еще одним подворьем монастыря становится храм-часовня в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» в деревне Козловка Кстовского района.
А через год устроено подворье Нижегородского женского Крестовоздвиженского монастыря на месте разрушенной обители в селе Мары Спасского района.
На сегодняшний день храм в селе Быдреевка восстановлен. В Маровской обители построена церковь в честь Николая Чудотворца. В Козловке регулярно служатся литургии.
Еще одним подворьем Крестовоздвиженской обители становится храм Богоявления Господня в одноименном селе. Здесь ремонтные работы все еще ведутся.
В 2011 году наконец закончено восстановление главного соборного храма в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Нижегородского женского монастыря. 27 сентября состоялось великое освящение Крестовоздвиженского собора.
В 2012 году открывается и освящается епархиальный медицинский центр для помощи священнослужителям, монашествующим, студентам духовных школ и прихожанам.
В сентябре 2013-го в Крестовоздвиженский монастырь прибывает новая святыня — икона Божией Матери «Страстная». Она написана специально для обители в монастыре Кутлумуш на Святой горе Афон, где много веков хранится древний чудотворный образ.
Еще через два года, 14 августа 2015-го, состоялось торжественное открытие памятника в честь Воздвижения Креста Господня на площади Лядова в Нижнем Новгороде. Это единственный в России монумент, посвященный Крестовоздвижению.
Новым знаковым событием становится окончание строительства и освящение колокольни.
2017-й, юбилейный год, – это год 150-летия святителя Филарета Московского и 50-летия игумении Филареты. К празднику написана и освящена икона святителя Филарета и получено благословение на создание храма в его честь.
В 2018-м закончено строительство игуменского дома Нижегородского Крестовоздвиженского женского монастыря.
2023 году началось восстановление больничного храма «Всех скорбящих Радость»
12 сентября 2023 года в Нижнем Новгороде состоялось освящение купола и креста храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» Нижегородского Крестовоздвиженского женского монастыря.
